Можно ли во время замещения директора издать приказ о назначении премии в отношении самого себя?

Да, можно. Так как директор вправе издавать приказы в отношении самого себя (на это указывается в письме Федеральной службы по труду и занятости от 11.03.2009 №1143-ТЗ), то соответственно, если полномочия директора на время его отпуска переданы другому работнику организации, то он вправе также издавать приказы в отношении самого себя, в том числе и о премировании.