освобождении от НДС по ст.145НК РФ.

Добрый день!

Подскажите, как выйти из следующей ситуации: ООО на ОСНО не работает с 2012 года (сдаются нулевые отчеты), денег нет и не предвидится (т.к. фирма практически брошена: учредители в конфликте, никто не занимается) в октябре 2016 было подано заявление об освобождении от НДС по ст.145 НК РФ.

Налоговая просит восстановить НДС по остаткам ТМЦ-строит. Материалы- (порядка 3 млн. руб.), которые фактически были приведены в негодность (вместе с архивом документов всех прошлых лет) на складе (на частном участке директора) во время продолжительных ливней летом 2013, когда затопило складское помещение в результуте протечки крыши.

Своевременно материалы на убытки списаны не были.. можно ли списать данные материалы на убытки, сдав корректирующую декларацию по прибыли за 2013 год с убытком? При том, что документов на получение этих товаров нет.

Есть ли какой-то выход из данной ситуации?

Заранее благодарю за ответ!