Оплата стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающим в федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях).

ТК РФ ст. 325 - Оплата стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска работника федерального государственного органа, государственного внебюджетного фонда Российской Федерации или федерального государственного учреждения и членов его семьи и обратно производится по заявлению работника не позднее чем за три рабочих дня до отъезда в отпуск исходя из примерной стоимости проезда. Окончательный расчет производится по возвращении из отпуска на основании предоставленных билетов или других документов.

В вашем вопросе непонятно предварительно в заявлении работника какие были указаны пункты проезда до отпуска и после отпуска если по заявлению о компенсации до отъезда были указаны одни населенные пункты, а после приезда другие тогда будет перерасчет выплаченной компенсации.