Учебник русского языка за 3-й класс

Сегодня занимался уроками с внуком (конкретно русским языком). Сначала вроде все нормально и логично, Списать, вставляя пропущенные буквы, разобрать слово по составу, и вот добрались до фонетического разбора и вдруг (конечно может только для меня) получается, что слово ОЛЯПКА в понятии современного образования звучит (транскрипция слова) АЛАПКА, а слово КОВЁР-транскрипция слова: [КАВ’ОР]. И теперь оказалось, что внук начал писать АЛЯПКА и КАВЁР. Раньше (что вполне логично, хотя и непонятно зачем) Я - было ЙА, а Ё - ЙО. Может разработчиков данной методики надо отправить в начальную школу по двум причинам: пусть посмотрят результаты своих изысканий и пусть сами "поразбирают" слова по собственным методикам. Хотя конечно всё встанет на свои места если целью образования является подготовка неграмотного населения. Конечно, может это моё субъективное мнение, просто хочется узнать мнение родителей учеников и мнение специалистов - пользователей данного ресурса.