Две «призрачные» линии, обнаруженные в ДНК человека, меняют наши представления об эволюции

Группа ученых из Калифорнийского университета в Беркли обнаружила доказательства того, что предки современных людей скрещивались с двумя ранее неизвестными и гораздо более древними линиями гоминидов.
Эти «призрачные» линии оставили неизгладимый генетический отпечаток в нашем геноме, подтверждая, что эволюционная история нашего вида была полна столкновений и гибридизации на протяжении сотен тысяч лет.
До сих пор было известно, что Homo sapiens разделял генетический материал с неандертальцами и денисовцами после того, как покинул Африку.
Однако, используя инновационную вычислительную методику под названием TRACE, исследователи смогли реконструировать генеалогические карты, анализируя только ДНК современных человеческих популяций, без необходимости прибегать к древним ископаемым.
Первая «призрачная» линия преемственности: присутствует во всем человечестве.
Первая из этих неизвестных линий отделилась от общего предка человека около 800 000 лет назад, что совпадает со временем существования групп Homo в Африке в среднем плейстоцене.
Эта группа скрещивалась с современными людьми на этом континенте более 50 000 лет назад, до крупных миграций в Европу и Азию. В результате она составляет от 0,5% до 1% генома всех современных людей.

«В предыдущих публикациях предполагалось существование так называемого «фантомного происхождения», но авторы не пришли к выводу, присутствует ли оно только у африканцев или нет, а также когда произошла эта интрогрессия.
Нам удалось найти и нанести на карту геномные участки у современных людей, происходящие от этой линии, и показать, что это происхождение есть у всех современных людей, а не только у африканцев», — объяснил Юлин Чжан, соавтор исследования, опубликованного в журнале Science.
«Сверхархаичный» предок
Второй обнаруженный предок получил название «суперархаичный». Эта популяция произошла от линии, существовавшей 1,8 миллиона лет назад, в период, связанный с существованием Homo erectus.
Эта группа скрещивалась в Евразии с денисовцами более 200 000 лет назад, которые впоследствии передали часть этой ДНК Homo sapiens, и эта черта сохраняется до сих пор, в основном, в популяциях Океании. «Это чрезвычайно важное открытие особенно интересно, поскольку оно выявляет генетический вклад человеческой линии, жившей более миллиона лет назад, несмотря на отсутствие секвенированной ДНК этой популяции», — сказал Арджун Бидданда, научный сотрудник Университета Джонса Хопкинса и один из соавторов статьи.
Сложная сеть эволюции человека
Многие генетические фрагменты, унаследованные от этих неизвестных предков, сосредоточены в областях, связанных с метаболическими функциями и иммунной системой, что позволяет предположить, что изменчивость, приобретенная в результате этих скрещиваний, помогла людям адаптироваться к новым патогенам и пищевым ресурсам.

«Мы часто представляем себе эволюцию человека как дерево с ветвями, но новые геномные данные и аналитические методы раскрывают гораздо более взаимосвязанную картину, больше похожую на сложную сеть популяций, связанных повторяющимися эпизодами миграции и смешения», — заключила Прия Мурджани, доцент Беркли. Результаты исследования, финансируемого Национальным научным фондом США (NSF), открывают новые методологические горизонты для отслеживания биологической истории человечества и других видов на планете посредством анализа современных геномов.