ФНС уже проверила компанию. Может ли налоговая прийти второй раз и доначислить еще сотни миллионов?

Казалось бы, если налоговая уже провела выездную проверку за определенный период, вынесла решение и получила с компании доначисленные налоги, то на этом история заканчивается.

Но российское налоговое законодательство предусматривает исключение.

Налоговая может провести повторную выездную проверку того же периода.

Причем по ее итогам сумма налоговых претензий действительно может оказаться значительно больше, чем по результатам первой проверки.

Это наглядно показало свежее дело ООО «Нефтегазстрой», дошедшее до Верховного Суда РФ.

Компания уже прошла проверку. Но налоговая пришла снова

Первоначально налоговая проверила деятельность компании за 2021 год. По итогам проверки обществу, в частности, доначислили 34,7 млн рублей НДС.

Компания решение не оспаривала и исполнила его.

Казалось бы, 2021 год для налоговой истории компании закрыт.

Но затем Управление ФНС назначило повторную выездную налоговую проверку за тот же самый период. И на этот раз результаты оказались значительно серьезнее.

По итогам повторной проверки сумма недоимки по НДС и налогу на прибыль составила уже 477,8 млн рублей.

Разница - сотни миллионов рублей.

Компания попыталась оспорить сам факт назначения повторной проверки.

Но Верховный Суд в определении от 18 марта 2026 года №309-ЭС25-9697 поддержал налоговый орган.

Разве нельзя проверять один период дважды?

Обычное правило действительно запрещает налоговым органам проводить две и более выездные проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период.

Это прямо установлено пунктом 5 статьи 89 НК РФ.

Но в той же статье предусмотрено специальное исключение - повторная выездная налоговая проверка. Согласно пункту 10 статьи 89 НК РФ повторной считается проверка, которая проводится независимо от времени предыдущей проверки по тем же налогам и за тот же период.

В частности, повторная проверка может проводиться вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, который проводил первоначальную проверку.

То есть сам факт: «Этот период уже проверяли» еще не означает, что повторная проверка невозможна.

Зачем налоговой проверять то, что уже проверяли?

Здесь логика законодателя достаточно понятна.

Налоговые органы тоже находятся под контролем. Если нижестоящий налоговый орган провел проверку, вышестоящее управление должно иметь возможность проверить, насколько качественно была проведена эта работа. Поэтому повторная выездная проверка является одним из механизмов такого контроля.

При этом Верховный Суд указал: при повторной проверке налоговый орган может заново исследовать деятельность налогоплательщика за соответствующий период и переоценить выводы первоначальной проверки. По результатам такой проверки могут быть выявлены новые недоимки и начислены пени.

Именно это обстоятельство для бизнеса является наиболее неприятным.

Первая проверка не создает абсолютного иммунитета от последующего налогового контроля.

А если вышестоящий налоговый орган уже фактически участвовал в первой проверке?

Именно на этом строилась одна из основных претензий «Нефтегазстроя».

Компания указывала, что сотрудники вышестоящего налогового органа и сами участвовали в первоначальной проверке. Более того, Управление ФНС участвовало в получении документов, контролировало и координировало проведение первой проверки.

По мнению общества, в такой ситуации странно говорить о повторной проверке как о контроле вышестоящего органа за нижестоящим.

Однако Верховный Суд этот аргумент не принял.

Само по себе участие должностных лиц вышестоящего налогового органа в первоначальной проверке не исключает возможности последующей повторной проверки.

Верховный Суд не нашел оснований считать, что такая организация первоначальной проверки автоматически нарушает права налогоплательщика.

Значит, налоговая теперь может проверять один год сколько угодно?

Нет. Повторная выездная проверка не обычная проверка «номер два», которую можно назначить просто потому, что налоговой не понравились результаты первой.

Это специальная процедура, прямо предусмотренная статьей 89 НК РФ.

Для нее должны существовать предусмотренные законом основания, а сама проверка должна соответствовать требованиям законности и обоснованности.

Другими словами, ФНС не получает права бесконечно возвращаться к одному и тому же налоговому периоду. Но если условия для повторной проверки соблюдены, ссылка налогоплательщика только на то, что этот период уже проверялся, сама по себе не поможет.

Можно ли оспорить повторную проверку?

Налогоплательщик может оспаривать решение о назначении повторной проверки, если считает, что налоговый орган не имел законных оснований для ее проведения.

Кроме того, отдельно можно спорить уже с результатами самой проверки - например, с конкретными доначислениями, выводами налоговой и доказательствами, на которых они основаны.

В рассматриваемом деле компания пошла именно по пути оспаривания решения о назначении повторной проверки.

Но Верховный Суд в итоге признал ее проведение законным.

Есть еще одна важная особенность

Повторная проверка не означает, что налогоплательщика автоматически должны оштрафовать за все нарушения, которые налоговая вдруг обнаружит во второй раз.

Пункт 10 статьи 89 НК РФ устанавливает специальное правило: если при повторной проверке выявлено налоговое правонарушение, которое не было обнаружено при первоначальной проверке, налоговые санкции за него, как правило, не применяются. Исключение предусмотрено для ситуации, когда первоначальное невыявление нарушения произошло в результате сговора между налогоплательщиком и должностным лицом налогового органа.

Это правило важно не путать с самими доначислениями налогов и пеней.

Что это означает для бизнеса?

Главный практический вывод достаточно простой.

После завершения выездной проверки не стоит выбрасывать материалы проверки со словами: «Ну всё, этот период налоговая уже посмотрела».

Проверку действительно могли закончить. Но при наличии предусмотренных законом оснований вышестоящий налоговый орган может вернуться к тому же периоду.

Поэтому документы первой проверки - акт, решение, возражения, требования, ответы на них и доказательства позиции компании - лучше сохранять в полном объеме.

Если же приходит решение о повторной проверке, его стоит сразу проверять на соответствие пункту 10 статьи 89 НК РФ, а не просто ждать окончания мероприятий налогового контроля.

Вывод

Дело «Нефтегазстроя» показывает довольно неприятную для бизнеса вещь.

Первая налоговая проверка не всегда является последней.

Компания уже получила по итогам проверки 2021 года доначисление НДС на 34,7 млн рублей и исполнила решение. Но затем налоговый орган провел повторную проверку того же периода, после которой налоговые претензии выросли до 477,8 млн рублей.

Верховный Суд признал саму возможность такой повторной проверки законной.

Но это не означает, что ФНС получила право проверять налогоплательщика бесконечно. Речь идет о специальном механизме, предусмотренном пунктом 10 статьи 89 НК РФ.

Поэтому правильная позиция налогоплательщика в такой ситуации не: «Нас уже проверяли, поэтому второй раз нельзя». А: «Проверим, на каком основании назначена повторная проверка и соблюдены ли налоговым органом все требования закона».

И вот это уже вполне рабочая позиция для налогового спора.